محمد موسوی خوئینی ها که چند روز پیش گفته بود «هدف اصلاح طلبان فقط جمهوری اسلامی است»، برای بازداشتن محافل ضدانقلاب از ادامه انتقادات به خود رویکردش را تغییر داد.
این عضو مجمع روحانیون مبارز در پاسخ یکی از مخاطبان وبلاگش با ابراز امیدواری برای آزادی سران و فعالان جریان فتنه،

اعتراض را حق آنان دانسته و با تعبیر پروژه براندازی سال 88 به یک «سوءتفاهم» گفته است: امیدوارم سوءتفاهم ها از میان برداشته شود و نه تنها این دو عزیز گرامی بلکه تمام زندانیان سیاسی در رابطه با انتخابات 88 آزاد شوند، علّت اینکه می گویم سوءتفاهم این است که همه آنها در یک انتخابات قانونی شرکت کرده اند و به نتایج اعلام شده اعتراض داشته و دارند و اعتراض هم حقّ آنان بوده است، ولی آنان ناروا متّهم به براندازی و... شده اند، در حالیکه یقیناً آنان مبرّا از چنین اتّهامی هستند. 
موسوی خوئینی ها که چند روز پیش شعار «جمهوری ایرانی» را تخطئه و رویکرد جریان فتنه را زیر سوال برده بود، روشن نیست چرا اکنون از جریان فتنه و حامیان شعار «جمهوری ایرانی» دفاع کرده و تلاش آنان را برای براندازی در ایران که با حمایت آشکار غرب و رژیم صهیونیستی و کل جبهه ضدانقلاب همراه بود، تنها یک «سوءتفاهم» و «اتهامی ناروا» توصیف کرده است.
البته این عضو مجمع روحانیون مبارز و حزب متبوعش از حامیان و تقویت کنندگان فتنه و حتی متهم اصلی آشوب شب 30 خرداد 88 هستند.
موسوی خوئینی ها پیش از موضع گیری امروزش با محکوم کردن بخشی از مواضع فتنه گران مدعی پایبندی اصلاح طلبان به جمهوری اسلامی و ولایت فقیه شده بود.
برخی محافل ضد انقلاب به خاطر این اظهارات به او حمله کرده و آن را فرصت طلبی و تلاش برای ورود به عرصه سیاسی خوانده بودند. اما رسانه های همسوی مجمع روحانیون از جمله کلمه، جرس، امروز و نوروز و... که سخنان موسوی خوئینی ها علیه جریان فتنه را سانسور کرده بودند، موضع دیروز او در حمایت از موسوی و کروبی را پوشش گسترده داده اند